Oltář Panny Marie Rottenburské byl do kapucínského kostela na Hradčanech pořízen v letech 1680-90 a později doplněn rokokovými plastikami andílků. Ve středové nice je gotická socha milostné Madony, která je v kostele uctívána téměř od jeho založení. Sochu vyrobenou někdy kolem r. 1500 daroval kapucínům J. W. Freymon v. Oberhausen, říš. vicekancléř, který ji přivezl z Rottenburgu (byla zde zázračně zachráněna před spálením protestanty). Intarzované čelo menzy oltáře je klasicistní, svatostánek ze zlaceného plechu zhotovil r. 1838 Karl Korb.
Milostná socha Panny Marie, umístěná v boční kapli kapucínského kostela P. Marie Andělské na Hradčanech, pochází z německého města Rottenburg am Neckar, kde se kdysi těšila velké úctě katolíků. Pak ale přišli luteráni a jejich vlivem úcta velmi ochabla. Po několika letech následovali kalvinisté, kteří sochu přibližně roku 1550 hodili do ohně, protože nesnesli v kostele obrazy a sochy svatých. Po dvanáct hodin ležela socha uprostřed hranice ohně a odolávala nesmírnému žáru. V ten den se náhodou v Rottenburgu zdržoval také Jan Barvitius svobodný pán z Fernemontu, zbožný katolík a mariánský ctitel. Když si všiml té zvláštní sochy v ohni, poprosil přítomné kalvinisty: „Dejte mi ten špalek dřeva, co nechce shořet, já už jej nějak zužitkuji.“ Byl si dobře vědom předchozí slávy této sochy, která nejen, že v ohni neshořela, ale dokonce nebyla ani nijak poškozena. Sochu tajně dopravil do Prahy a umístil na čestné místo ve svém domě, kde se těšila zbožné úctě služebnictva, šlechtic se nakonec rozhodl darovat zázračnou sochu kapucínům, aby s ní ozdobili nově posvěcený kostel na Hradčanech, kde by ji mohlo uctívat více lidí. Kapucíni sochu prozatímně umístili nejprve do podzemní kaple pod kostelem, která byla využívána jako zimní chór a zde se brzy začaly dít první zázraky. To ovšem nemohlo uniknout pozornosti císaře Rudolfa II., který byt vášnivým sběratelem kuriozit a přikázal ji proto přenést do své soukromé sbírky na Pražském Hradě a zařadil ji mezi zvlášť vzácné předměty do tzv. „Kunstkammer“, kde byla sice čestně uložena, ale připravena o modlitby a zbožnou úctu lidí. Ještě téže noci se však stala podivná věc. Kolem půlnoci, když se kapucíni modlili v chóru matutinum, zaslechli náhle neobyčejně silné bušení na dveře kostela. Ihned tedy přerušili modlitby a utíkali k bráně. Když otevřeli dveře, stála za nimi odcizená socha Panny Marie a kol ní široko daleko nikde nikdo, jen pustá noc. Socha byla tedy ihned radostným průvodem přenesena zpět na oltář, kde se již za svítání těšila opět zbožné úctě četných poutníků. Návrat sochy se stal tak podivuhodným způsobem, že bratři byli pevně přesvědčeni, že ji přenesli andělé; vždyť koneckonců i sám kostel je zasvěcen Panně Marii Královně andělů a Panna Maria se tedy v jistém smyslu vlastně jen vrátila domů! Císař byl však jiného názoru. Nedovedl sice pochopit, jak se socha mohla dostat z přísně střežených prostor královské klenotnice, ale přesto tvrdil, že se jistě jedná o spiknutí ze strany některého dvořana tajně nakloněného kapucínům, a že se tedy socha musí okamžitě vrátit nazpět. I přes zvýšenou ostrahu se však následující dvě noci opakovalo znovu totéž a za svítání třetího dne se již nenasel v císařském paláci člověk, který by měl odvahu odnést sochu počtvrté. A tak již zůstala na svém místě a nakonec i sám císař uznal, že bude lépe, aby socha zůstala u kapucínů a na usmířenou daroval pro ni dvoje slavnostní oblečení: šaty bílé barvy z drahocenné zlatém protkané látky a šaty červené barvy z hedvábí s vetkanými drahokamy. Kromě toho věnoval císař nejsvětější Panně na věčnou paměť ještě vojenský pás obtěžkaný zlatem a stříbrem, který byl pak později, r. 1710, za kvardianátu P. Sebastiána ze Slezska jíž jako značně zvetšelý roztaven a použit na výrobu nových mešních kalichů. Několikerý zázračný návrat sochy do kláštera zachycuje i podivuhodný lunetový obraz od Petra Brandla, který visí v oblouku nad mariánskou kaplí, vybudovanou přímo v kostele Panny Marie Andělské. Kapli dne 20. září 1626 posvětil sám arcibiskup pražský Arnošt Vojtěch kardinál Harrach ke cti Panny Marie, sv. Františka a sv. Víta a zvláště vyznamenal toto místo i tím, že do oltářní desky vložil zlomek ostatků Evangelisty sv. Marka a českých mučedníků sv. Václava a sv. Ludmily. Roku 1694 byla na tento oltář přenesena milostná socha Panny Marie z krypty a stojí tu dodnes.
Socha je proslavena mnoha zázraky, zmiňme zde alespoň ten nejznámější. Roku 1666 v Praze těžce onemocněl zbožný ctitel Panny Marie a příbuzný kapucína P. Anastáze z Prahy Ignác Pavel svobodný pán Lehotta Lehocky. Postupně jej opouštěly síly, dusil se a začal zápasit se smrtí. Náhle při plném vědomí zakusil nutkavý pocit tíhy svých hříchů a v duchu prosil Boha, aby mu dal čas k pokání. V tě chvíli měl živý sen, v němž se mu zdálo, že stojí před svým příbuzným P. Anastázem, veřejně vyznává své hříchy a vedle P. Anastáze že stojí Panna Maria, oblečená v červených šatech, která mu říká, že zatím ještě nezemře. On byl tím viděním tak osvěžen, že ihned vstal z lože zdráv. Ti, kdo stáli kolem jeho lůžka, mu pak dosvědčovali, že v těch chvílích volal P. Anastáze a Pannu Marii, a že hořce plakal. Když pak kapucína vyhledal, ten mu prozradil, že právě v těch chvílích prosil za jeho zdraví u oltáře milostně Panny Marie Rottenburské. Když mu sochu ukázal, on poznal, že právě toto je Maria z jeho vidění. Až do smrti si pak uchoval zbožnou úctu k Panně Marii. Protokolární výpověď uzdraveného o této události, učiněná ve Vídni, nese datum 2. května 1666.